Флаг Калмыцкого университета представляет собой белое полотнище, в центре которого располагается герб. Белый цвет флага олицетворяет собой беспристрастное, открытое отношение к окружающему миру, не зависящее от политической и другой конъюнктуры, а также белый лист бумаги — приглашение в Страну знаний.

По углам прямоугольного полотнища флага растительной вязью изображены стрелки, направленные вовне, что символизирует «белую дорогу» в большую жизнь выпускников университета.